1、多肽合成的基本原理?
多肽固相合成法是多肽合成化学的一个重大的突破。它的最大特点是不必纯化中间产物，合成过程可以连续进行，进而为多肽合成的自动化奠定了基础。目前全自动多肽的合成，基本都是固相合成。其基本过程如下：
基于Fmoc化学合成，先将所要合成的目标多肽的C-端氨基酸的羧基以共价键形式与一个不溶性的高分子树脂相连，然后以这一氨基酸的氨基作为多肽合成的起点，同其它的氨基酸已经活化的羧基作用形成肽键，不断重复这一过程，即可得到多肽。根据多肽的氨基酸组成不同，多肽后处理方式不同，纯化方式也有差异。
2、我们合成的多肽溶解性不好，多肽就有问题对吗?
很难准确预测一个多肽的溶解性及合适的溶剂是什么。如果多肽难以溶解就认为多肽合成有问题这个观念并不正确。
3、多肽状态是如何?如何保存储存?
我们提供的多肽是粉末状，一般为灰白色，组成不同，多肽粉末的颜色有差异，多肽一般长期保存需要避光保存，并应保存在-20度，短期可以保存在4度。短时间的话是可以以室温运输。
4、非HPLC纯化的多肽中有哪些杂质?
粗品多肽中多肽和非多肽类杂质：如非全长多肽和多肽后处理的一些原料如DTT、TFA等，还有盐。
5、HPLC纯化的多肽有哪些杂质?
经过HPLC纯化的多肽，仍会有一些杂质存在，其中的杂质主要是短肽和微量TFA。
6、如何从多肽序列中判定多肽的溶解性?
(1)多肽中如果含有高比例的疏水性很强的氨基酸如和Leu,Val,IIe,Met,Phe和Trp，多肽很难溶解于水性溶液中或根本不可能溶解。这些氨基酸无论是纯化或合成，都有可能有问题。
(2)一般情况下疏水性氨基酸的比例<50%，不能连续5个连续aa为疏水性，带电荷的氨基酸的(正电荷K,R,H,N-terminus,负电荷D,E,C- terminus)的比例达到20%，在多肽的N或C端如果能增加极性氨基酸，也可以改善溶解性。
7、为什么含有Cys,Met,或Trp的多肽难合成?
含有Cys, Met,或Trp的多肽难以合成，同时难以获得高纯度的产品。主要因为这些基团不稳定，易氧化。这些多肽的使用和储存都需要特别注意，避免反复开启盖子。
8、为什么有些多肽的合成产率或纯度会比较低?
如Val,Ile,Tyr,Phe,Trp,Leu,Gln,和Thr这些氨基酸比邻或重复时，多肽链在合成过程中不能完全舒展溶解，合成效率下降。以下几种情形，合成效率和产物的纯度都比较低，如：重复Pro,Ser，重复Asp等。
9、困难序列多肽合成的改善方法有哪些？
固相多肽合成中也经常遇到多肽合成失败或合成效率很低的问题，这里面的主要原因是由于多肽序列引起的，因为有些多肽序列在树脂上形成β-折叠，改变了树脂的溶胀性能，还有可能将反应的活性位点埋藏在树脂里面，这样使得反应很难进行，目前报道使用的主要方法有：1，使用混合溶剂，DMSO/DMF，6N 胍啶/DMF溶液。2，提高反应温度，或采用微波方法。3，使用高离液盐，LiCl，NaClO4等。4，使用溶胀性能更好的PEG-PS树脂，同时减少树脂担载量（0.05-0.2mmol/g）。
